微滤滤芯是微滤过滤器中的主要部件，同样的过滤器外壳，安装不同的滤芯，过滤效果和用途就不一样，过滤时根据所过滤的物料温度、粘稠度、杂质颗粒含量、杂质的性质等来选择不同的滤芯。选择了不同滤芯的过滤器就具有了不同功能，例如除菌过滤器、钯炭过滤器、精密过滤器、钛棒过滤器、澄清过滤器、蒸汽过滤器等

滤芯根据结构可大致分为折叠式微孔膜滤芯、烧结滤芯、熔喷滤芯、缠绕滤芯等，相同结构的滤芯还分别有不同的材质和精度，在所有滤芯中，折叠式微孔膜滤芯的材质和精度比较多，如聚丙烯滤芯、聚醚砜滤芯、尼龙滤芯、聚四氟滤芯等，精度有0.1、0.22、0.45、1、3等

滤芯根据过滤效果可粗略的分为除菌滤芯和粗过滤滤芯，气体除菌一般选择0.01um，液体过滤一般选择0.22um，除菌滤芯的精度一般用气泡点或扩散流来检测。

滤芯有亲水性和疏水性之分，过滤气体用疏水性滤芯，过滤液体用亲水性滤芯。