除菌过滤器使用前，一定要灭菌处理，灭菌可以采用在线灭菌或离线灭菌处或辐射灭菌处理等。

1. 在线灭菌：采用在线蒸汽灭菌时，一定要考虑滤芯材质是否能耐受灭菌必须的温度和压差，灭菌前要排净管路和过滤器中的冷凝水；灭菌中要让整个过滤系统每个点都要达到灭菌必须的温度，同时注意滤芯前后压差不能超过额定值；灭菌后过滤系统内要通入氮气或其他洁净的气体来降低系统温度，同时使系统内保持一定的正向压力，使系统内处于无菌状态。

2、离线灭菌：离线灭菌一般常用真空灭菌的方法。灭菌时要注意过滤和滤芯的放置位置，必须保证过滤器进口、出口、排污口、压力表口等各个管口都能被蒸汽透过，保证过滤器腔体内面能充分接触蒸汽。

3、辐射灭菌：对于不方便使用在线灭菌和离线灭菌的过滤器和其他附件，可采用辐射灭菌的方法。有些附件辐射灭菌的次数不能太多，否则有可能增加可提取物水平。