1、要充分考虑除菌过滤的工艺，有些病毒和支原体可辅助热处理等方法

2、采用序列过滤系统和冗余过滤系统相结合的方式，除菌过滤器必须靠近终端出口，在除菌过滤器前考虑增加一个或多个孔径递减的过滤器，也可在终端除菌过滤器前安装一个除菌级别的过滤器。

3、除菌过滤器的位置。要考虑过滤器以及管路安装、清洗、灭菌、检测的方便性。

4、过滤器灭菌的方式。要考虑在线灭菌和离线灭菌的操作方式，以及气体和冷凝水的排放问题。